Durch einen 2:1-Sieg im kleinen Finale gegen den 1.FC Köln sicherten sich die Zebras Platz Drei beim Rheinland-Cup in der KölnArena. Dort sorgten 15.234 Zuschauer für einen Besucher-Weltrekord bei einem Hallen-Fußballturnier. Der MSV schlug sich wacker bei seinem ersten Auftritt in 2006. Nach einem 1:1 gegen RW Essen (Tor: Rietpietsch), folgte durch das 4:4-Remis gegen den späteren Finalisten Alemannia Aachen der Einzug ins Halbfinale (Tore: Rademacher, Rietpietsch, Meyer, Tjikuzu) Hier verloren die Zebras gegen den Cupgewinner Eintracht Frankfurt mit 1:4 (Tor: Rademacher) Die Eintracht war mit dem größten Aufgebot in die Domstadt angereist. Durch die Treffer von Adam Bodzek und Nasir El Kasmi drehten die Zebras dafür noch den 0:1-Rückstand im kleinen Finale gegen Gastgeber 1.FC Köln und sicherten sich Rang Drei. Frankfurt gewann im Finale gegen Aachen mit 3:1.
Die Zebras spielten mit: Andre Poggenborg, Sven Beuckert – Alexander Meyer, Razundara Tjikuzu, Mike Rietpietsch, Oliver Rademacher, Niklas Stegmann, Markus Anfang, Ivica Grlic, Nasir El Kasmi, Adam Bodzek