Viele Erfahrungen hat der MSV mit Jahn Regensburg noch nicht gemacht. Lediglich in der Saison 2003/04 waren die beiden Teams gemeinsam in der 2. Liga aktiv. Trotzte Regensburg den Zebras am 3. Spieltag in Duisburg noch ein 2:2 ab (Aziz Ahanfouf vergab in der 90. Minute einen Elfmeter für den MSV), wurde im Rückspiel kurzer Prozess gemacht. Die aufkommende Kritik an MSV-Coach Norbert Meier verstummte prompt, als die Zebras in Regensburg 5:0 siegten. Ahanfouf gehörte diesmal zu den Torschützen, Pavel Drsek gelang ein Doppelpack.
In jener Saison kam es noch zu einem dritten Vergleich der beiden Mannschaften. Im DFB-Pokal-Achtelfinale am 2. Dezember 2003 hatte Ahanfouf seinen ganz großen Tag. Regensburg ging in der 47. Minute 3:1 in Führung und Duisburg stand vor dem Pokal-Aus. Ahanfouf schaffte mit einem Doppelpack aber den Ausgleich. Sein Fallrückzieher zum 3:3 in der 90. Minute (!) wurde später in der ARD-Sportschau zum „Tor des Monats“ gewählt. In Unterzahl (Platzverweis für Kazior) rettete sich der MSV ins Elfmeterschießen, in dem Keeper Dirk Langerbein gegen Knackmuß und Stieglmair parierte. Duisburg siegte am Ende 7:5.
Von 2003 bis 2005 spielte der heutige Regensburger Profi Tim Erfen übrigens im Nachwuchs des MSV Duisburg. Der gebürtige Mönchengladbacher startete anschließend in Jena seine Profikarriere und ist bereits seit 2010 für Regensburg am Ball.